Sous l’eau, le travail des plongeurs doit tenir compte d’éléments inconnus sur terre : courants, eau froide troublée par des particules en suspension, nuages de vase soulevés lors des déplacements.
Comme sur une fouille terrestre, pour effectuer des relevés, un carroyage matérialisé par des cordeaux disposés en carré est installé sur le site. Pour remplacer la truelle, le balai, la pioche, la pelle et la brouette, les plongeurs utilisent en général des aspirateurs pour aspirer les sédiments, recueillis, triés et examinés en surface. Sous l’eau, les mesures sont notées avec un crayon à papier sur des calques polyester. A Sanguinet, le dégagement des sédiments se pratique par « ventilation » manuelle. Le dégagement avec un système d’aspiration a été utilisé pour dévaser les pirogues étudiées et pour établir la stratigraphie.